Postoupíme-li údolím Jizery až k Poniklé, narazíme na asi nejrozsáhlejší karbonátové těleso západní části území. Prokřemenělé dolomity až dolomitické vápence jsou ovšem na povrchu překryty mocnými vrstvami písčitých zvětralin (zcela rozložený a odvápněný křemitý dolomit), často, zejména při kontaktu s okolními fylity, intenzivně proželezněnými, takže nebýt toho, že se občas na polích objevují hluboké propady, či že potoky v Poniklé náhle mizí v podzemí, nebylo by na povrchu po krasu ani známky. Na to, že se v podzemí nacházejí volné dutiny však přišli již horníci, kteří zde v 19 století těžili železnou rudu. Dokazuje to záznam Arnoštovského šichtmistra Hohnheisera z roku 1821, který u dolu Martin (založený v roce 1803) uvádí: „… na dole byly často objevovány dutiny velikosti světnic, z nichž mnohé byly pravděpodobně spojeny s povrchem…“. Avšak dnešní Ponikelská jeskyně byla objevena až v roce 1912 v tzv. Tomičkově lomu. Původní puklina byla rozšířena v roce 1944 při pokusu o vybudování protileteckého krytu. Přitom dělníci pronikli do „Starého dómu“ krápníky bohatě vyzdobené jeskynní prostory. Právě odtud pocházejí mineralogicky významné nálezy jeskynního aragonitu (Šita, Štafl 1969) a dalších sintrových forem. Moderní speleologický průzkum zde zahájila skupina ponikelských jeskyňářů (dnes součást České speleologické společnosti ZO 5-01 Bozkov) v roce 1967. Ten vyústil v rychlé  objevy Mikulášské a Netopýří jeskyně. Poté následoval náročný průkop úzké téměř vertikální plazivky. V situaci, kdy již nešlo v kopání pokračovat otevřel odstřel na konci chodby průlez do dvou největších prostor Ponikelské jeskyně do Krokodýlího a Jezerního dómu. Tyto prostory zasahují hluboko pod úroveň hladiny podzemních vod, která zde vytváří jezera se zatím neprozkoumanými sifony. Přímá závislost mezi podzemním jezerem v jeskyni a vývěrem v údolí Ponikelského potoka byla potvrzena čerpacími pokusy (Řehák, Braun 1987) V roce 2004 došlo při opravě jímání v místě vyvěračky k historicky největšímu pozorovanému snížení hladiny jezera a k odkrytí vlastního vývěrového kanálu. Za vhodných podmínek se zde naskýtá ojedinělá možnost průzkumu neznámé vývěrové části jeskynního systému. Na vzniku jeskyně se podílela především koroze postupující po puklinách. Její známky jsou dobře patrné v podobě vypreparovaných poloh fylitů a žilek křemene. Svůj nezanedbatelný podíl na rozšiřování jeskyně měla i činnost proudící vody Jizery či jejich přítoků. To dokladují především evorzní tvary ve stropech a dokonale opracované křemenné valouny v hlínách ve v. části jeskyně. V sedimentech i na povrchu počvy byly nalezeny kosterní pozůstatky drobných savců jejichž stáří je odhadováno na 4000 let (konec středního holocénu). Výjimkou jsou nálezy fragmentů kostí sudokopytníků, které mohou být pozůstatkem pleistocenní fauny a holení kosti nosorožce srstnatého.(Rybář 1976). Ponikelská jeskyně patří délkou chodeb 240 m k nejdelším krkonošským jeskyním.

Kromě této nejvýznamnější jeskyně ponikelského krasu stojí za zmínku i jeskyně Železný důl. Jedná se sice o jednoduchou propasťovitou jeskyni o délce 20 m, avšak vyplněnou neobvyklými jeskynními zvětralinami, tvořenými převážně psylomelanem, geothitem a limonitem.